1999年，原国家经贸委发布了《关于深化医药流通体制改革的指导意见》。《意见》指出，国家计划用5年左右时间，支持建立5至10家年流通销售额达到50亿元左右、面向国内外市场的超大型医药流通企业集团；建立40家左右面向国内市场或国内区域市场的大型医药流通企业集团，年流通销售额达到20亿元左右。当时，中国还在为加入世贸组织做各种准备。当时的医药流通企业多、小、散、乱，手工记账和手工处理是最常见的操作方式。2002年，中国医药集团公司、北京医药股份有限公司、上海医药股份有限公司、广州医药股份有限公司等十个医药物流项目获得原国家经贸委批准的四期国债贴息贷款。政策导向和资金输血使得医药物流建设迅速升温。随后，国药控股、北药股份、上药股份、海王银河、九州通等一批龙头企业，区域医药流通体系逐渐成熟，全国范围的网络整合悄然开始。

2000年，陈济生走马上任北方制药总经理，当时北方制药的经营状况并不乐观:一方面，消费者对虚高的药价怨声载道；另一方面，医药商业企业利润微薄，难以生存。陈济生认为，根本原因在于过时的流通体制。以前药品流通的过程就是简单的储运。企业主要依靠手工记账和搬运箱子等繁重的体力劳动，效率低，成本高。以药品流通的储存保管过程为例。药厂有仓库，各个环节的药品流通企业也有仓库，医院有药房，急诊室和住院部也分别有药房...因为药品种类多，需求突然。为了保证及时可靠的药品供应，必须设立这些重叠的机构，而且还要承担高昂的成本。

在计划经济体制下，我国从建国初期就一直采用统购统销的药品流通模式。自上世纪80年代改革开放以来，市场经济被引入，计划经济逐渐退出历史舞台。然而，由于医药批发行业的自由化较晚，直到20世纪90年代末，大多数企业仍在遵循计划经济下的运营模式。药品进入市场的过程是从生产厂的仓库到批发企业的仓库。卖给药店的时候，药店也有仓库，然后一部分拿出来放在柜台上卖。医院也是如此，它们也有自己的储藏室。随着药品种类的增加，需求量越来越大，库房也建得越来越大。经过这样的流程，环节多，流通时间长，流通成本高，还有很多不必要的重复劳动。“国内外医药流通行业的盈利点完全不同。国内的钱是分销差价赚的，国外的钱是为上下游提供的分销服务赚的。”与中外的经营理念相比，陈济生决心改变它。经过一年半的调研论证，2002年，北药投资4000万元，与西门子泰克合作，建立了全国医药行业第一个物流配送中心。

与此同时，上海医药股份有限公司也准备投入巨资建立国内最大的医药物流中心，但该项目自成立以来就深陷争议之中。争论的焦点是物流现代化带来的富余人员安置，以及国家医药物流中心重复建设带来的价格竞争。

一方面，按照上海医药股份有限公司的预期，新物流中心建成后，之前分散在上海的9个仓库的业务将集中到物流中心。但由于分布在9个仓库的800多名工作人员都是有正式编制的员工，一旦现代物流配送中心开业，他们中的大量人员将会下岗失业。而且现代物流中心需要相应的人才匹配，很多以前的工作人员不适合新的岗位。

另一方面，从2000年开始，全国各地的医药物流中心陆续上马，到2003年，出现了重复建设的迹象。仅在上海，与上海医药直接竞争的物流中心就有重庆太极集团与西南制药合资的桐君阁上海医药、国药控股和九州通。当时上海的医药市场份额只有150亿元。根据设计吞吐量，上海医药物流配送中心基本可以承担全部销售和配送规模，配送范围可以覆盖整个华东地区。

中国医药商业协会副会长朱昌浩评价说，上世纪90年代末，医药商业刚刚摆脱计划经济四级批发的束缚，对物流这个概念还比较陌生。但随着降低流通成本的意识，医药物流遍地开花，开始过热。然而，从医药商业行业的发展来看，医药物流是一场全新的革命。

“医药物流的核心是改变原来计划经济体制下各企业独立运作的仓储模式。医药商业开始走集约化、规模化的道路。通过搭建物流服务平台，可以最大限度提高商品流通效率，降低成本。”中国医药企业管理协会常务副会长于明德说。

2003年后，一些媒体开始用“虚火”、“高烧”等激烈词汇来形容医药物流的过度投入。然而，九州通集团营销总监、医药行业资深人士牛干政对这段历史有着不同的理解。他表示，医药物流的投资热是各路资本首先看好这个领域，对企业来说是很好的投资机会，但不应该一哄而上，浪费社会成本。公开资料显示，2003年前后，我国医药流通企业平均费用率近11%，行业计划5年内将这一数字降至6%。因此，医药物流成为企业降低费用率的必然选择。

事实上，医药物流中心的建立使中国医药流通领域焕然一新。据北方制药有限公司宣传部负责人介绍，该公司医药物流配送中心投入使用后，新管理系统处理1万个订单的时间由过去的22小时减少到2小时，人力成本降低30%，配送速度提高一倍，准确率提高到99.8%。北药股份的物流中心也得到了医院的认可。在该公司快速送货服务的帮助下，一些医院已经开始取消药房或减少库存。朱昌浩表示，医药物流不等同于仓储运输，而是供应链的概念。在构建这个供应链的过程中，要与GSP和信息化有机结合。医药物流的核心技术包括自动分拣和自动配送等。，人力处于辅助地位。计算机控制可以减少运输过程中的错误，大大提高效率。正是因为大型医药物流中心的兴起，逐渐形成了全国性的医药流通体系。

据国药控股副总经理陈标介绍，国药控股目前在上海、北京、广州、天津拥有4个区域物流中心和14个区域配送中心，并将合作设立50个配送中心。现代化仓库占地12万平方米，有120辆运输车。每个物流中心必须有30 ~ 50个承运人，公司网络覆盖全国40个一级城市和100个二级城市，提供服务。

借助现代物流体系，北药股份开始拓展市场。据其宣传部负责人介绍，从2003年开始，北京医疗有限公司旗下的医保就开始开拓京郊农村市场。他们一方面与当地医药公司合作设立店中店，另一方面与当地农民合作设立药品销售网点。短短半年时间，建立了300多个网点的村镇销售网络，当年销售收入两三百万元。2007年，北京率先在社区医疗机构实行药品“零差价”销售。北药股份凭借一流的硬件设施和科学的管理在竞标中脱颖而出，被选为经销商。

随着现代医药物流的兴起，一种“快批快配”的商业模式受到市场欢迎。山东海王星系就是这种模式的代表。针对潍坊当地药品批发企业“多、小、散、乱”的现象，王银合凭借自身的物流配送优势，向社会承诺:48小时送货上门。王银合不仅迅速占领了这个城市的终端市场，还在省内形成了完善的物流配送网络。据悉，海王银河最近拿到了潍坊医院药房管理的“大单”。